ChIP-chip数据软件系统和分析流程
2008-05-27
系统简介
分析小鼠、人、大鼠全基因组 ChIP-chip数据。图形化显示ChIP-chip数据和上下文注释。
面向的数据类型
各大芯片公司，Affymetrix, NimbleGen, Agilent全基因组ChIP-chip的芯片实验数据。同时可以处理各种用户在这些公司定制的实验数据。以及通用的芯片数据格式标准，如迈阿密标准。
分析流程简要
针对各个芯片公司的异质数据，读取原始数据。
数据预处理，芯片噪音去除、归一化等操作。
统计学算法用于信号富集区域的鉴定。
信号富集区域motif发现以及调控网络的构建。
软件系统可以作为KDE系统的一个插件，方便的整合进KDE系统。
软件的开发采用模块化开发方式，原始数据读取模块、统计分析模块可以实现插件化，方便动态更新。大大增加用户定制的灵活性和加快新算法应用的周期。
软件集成R-Bioconductor分析算法包，提供丰富的算法集合。
软件集成ENSEMBL和UCSC，提供丰富的全基因组注释。
集成GEO数据库检索功能，可以实时得到类似试验的信息。
|
产品中心