microRNA调控网络分析平台
2008-05-27
公司研发的microRNA调控网络分析平台是一个目前在microRNA调控网络研究方面较为全面的一个分析平台,它不仅整合了目前microRNA调控网络分析的最经典方法和数据,还整合了我中心自行研发的预测方法以及网络调控网络分析方法,以及相关注释数据及实验数据,将为从事相关研究的专业人员提供强大的数据知识支持。
经典方法整合
· Miranda方法:PicTar: Combinatorial microRNA target predictions。引用次数:335。
· Pictar方法:PicTar: Combinatorial microRNA target predictions. 引用次数:335。
· Targetscan方法:TargetScan: Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets.引用次数:621。
特色方法整合
· 基于序列特征,用机器学习的microRNA靶基因预测筛选方法
· 基于microRNA过表达基因芯片实验的microRNA二级调控机制挖掘方法
· 基于序列互补,以及microRNA和gene的表达数据的microRNA调控网络预测方法
完整数据整合
· miRGen数据库,包括miranda, pictar和targetscan的预测结果
· Tarbase数据库,包括实验证实的microRNA-靶基因调控关系
· GEO数据库中microRNA过表达基因芯片实验数据集
· 大规模microRNA和基因芯片实验
· GO和KEGG功能及代谢通路注释数据库
友好地使用界面
· 可以自行选择查询库,包括实验验证数据、经典microRNA靶基因预测算法预测数据、特色方法预测数据
· 可以多个基因或者microRNA同时查询起网络关系
· 网络方式可以悬在邻近网络,或者最小网络
· 可以进行动态调控网络注释
· 可以进行网络功能富集性分析
· 可以指定输出网络图像大小
直观的报告界面
· 构造了一个在线查询系统,可以方便的查询用户提交的单个,或者一组microRNA和基因周围的调控网络,可查邻近网络,也可查询最小网络
· 自行开发的网络注释最优化算法,可以给查询出的microRNA调控网络动态的添加功能模块注释。
· 对查询出的网络进行功能富集性分析,确定结果网络的整体功能偏向性
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