基因组功能注释与分析
2008-05-27
基因组功能注释与分析平台介绍
通过生物信息学的方法解读微生物的基因组信息，使人们迅速得获得一个微生物的大部分基因功能信息；利用获取的信息与已知的近缘微生物基因组进行比较分析，进一步挖掘序列背后的生物学意义，为生物学家提供指导。
功能基因组注释
l 基因预测
l 基因功能注释
l 蛋白质功能分类
l 蛋白质亚细胞定位
l rDNA和tRNA基因预测
l IS element和Prophage预测
功能基因组分析
l Paralog和Ortholog计算
l 代谢通路的构建
l 基因岛和水平转移基因的发现
l 基因组多态性的分析
l 基于同源基因的DN/DS计算的进化分析
成功案例—病原微生物的比较分析
l 基因的预测及注释
l 基因功能的COG分类和毒性因子的预测
l 根据基因的功能分类构建圈图
l GC含量和编码偏好性以及插入序列和tRNA的位置判断定位毒力岛（PAI）
l 基因组多态性结合进化选择性的分析
   
成功案例—工业微生物的比较分析
l 基因的预测及注释
l 基因功能的COG分类
l 根据基因的功能分类构建圈图
l 根据基因的功能和在基因组的位置结构信息找出潜在的基因簇和基因岛
l 基于同源基因的预测，利用KEGG数据库的Pathway信息，对微生物的重要代谢通路和关键酶的发现
l 关键酶的进化分析和对主要功能结构域的预测
l 根据分析设计实验对关键酶进行分子水平的改造
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