生物进化分析是生物信息学的一个重要分支。它通过对生物序列的研究推测物种的进化历史。主要方法包括通过DNA序列,蛋白质序列,蛋白质结构等来构建分子进化树或者种系发生树, 或者通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树.

1）直系/旁系同源基因的判定；

2）估计分歧时间；

3）重建祖先序列/性状；

4）发现生物序列上自然选择影响较大的重要位点；

5）确定基因重组的发生位点；

6）识别和疾病关联的突变；

7）确定病原体的分类；