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MethStausBrowser基因组甲基化状态分析系统 |
| 发布时间：2008-05-27 |
系统简介直接面对实验室用户，分析高通量的小鼠和人的全基因组DNA甲基化数据。对甲基化区域予以图形化展示。
能过处理的数据类型软件能够处理来自于三大芯片公司Affy, Illumina和NimbleGen的全基因组甲基化芯片数据。同时软件系统可以从全基因组注释数据库ENSEMBL和UCSC下载全基因组注释数据。
分析流程来自于芯片提供商的芯片数据可以直接倒入软件系统MethStatusBrowser。
用户自定义预处理过程，对芯片进行归一化/噪音处理。
挑选全基因组甲基化区域。
差异化甲基化基因组区域筛选。
差异化区域图形显示。
差异化区域基因组上下文自动注释。
技术支持以及软件特性软件系统可以作为KDE系统的一个插件，方便的整合进KDE系统。
软件的开发采用模块化开发方式，原始数据读取模块、统计分析模块可以实现插件化，方便动态更新。这样大大加快新算法的应用。
软件集成ENSEMBL和UCSC，提供丰富的全基因组注释。
使用案例为了鉴定肝癌细胞特有的异常甲基化，对来自于若干个肝癌细胞系和正常组着对照德甲基化状态芯片作了如下分析。分析流程如下图
我们可以得到以下差异甲基化区域列表
每个差异化区域图形化展示与基因组上下文注释
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