EFPS 是结合功能模块信息的表达谱相似性搜索平台。类似于blast系统，从参考芯片文库中为待查询芯片找到整体特征功能相似的芯片样本，或者找到在某一特定功 能上相似的芯片样本。作为对芯片数据的一种崭新的注释理念，为各种刺激生物学效应的研究和预测以及不同生物学状态的研究提供有用信息。

Ø 改进传统全局比对方法，结合功能模块分析不仅从参考文库中寻找相似的样本，还提供在哪些功能上相似的信息。

Ø 对特定功能进行检索，为关注特定功能的用户提供帮助。

Ø 检索模块可定制化：不仅应用于功能模块的检索，还可根据特定需求定制包括转录调控通路、代谢通路、染色体位置、蛋白结构等在内的其它检索模块。

Ø 参考文库可定制化：根据不同需求定制参考文库。

Ø 基于Web形式的标准化计算服务。

Ø 基于用户需求的定制计算服务。

Ø 专业生物信息学研究人员和技术人员提供技术支持。

已经成功的应用于化学小分子功能研究，应用领域包括：

Ø 未知化合物功能预测：建立全面的化学小分子刺激芯片文库；寻找与未知功能小分子刺激芯片表达相似的参照芯片。

Ø 药物副作用研究：传统全局相似性比较较难发现整体不相似但在有相似副作用的小分子。将相似性比对限定在每个功能模块中，使得寻找在特定功能模块下具相似性的小分子成为可能，从而使药物副作用研究成为可能。